Genomic Feature
as52
- ID
- ZDB-ALT-190423-4
- Name
- as52
- Synonyms
- None
- Affected Genomic Region
- Construct
- None
- Type
- Allele with one delins (1)
- Protocol
- embryos treated with
- Lab of Origin
- Chen-Hui Chen Lab
- Current Source
- Other Pages
Notes
No data available
Variants
- Variant Type
- Delins
- Variant Location
- Chr 8: 17181158 - 17182903 (GRCz11) (1) Details
- Nucleotide change
- TTAGACTGAGGATGTTCAGGAGTGGTCAGTGCTCGCTTCTGAGAGCCCTGTGTTCATGCAGAAATTAACTCATGTTATTTAACCGATCCAGTTTTTAATATAATGTAAATTACAGTATCGAATAAACAAGTCGGGTTGTATGACAGAAAGAAAGTTTAAAGCCTGATCTCTACACTACTTTCTCAACTTAGATCAACATATAATACGCAGAAAGGCTTTTCATTTTTAATCAGCCAGCTCAAGCGCTTCCGGTGAACTGTCATCCAAATACAAAAATCACTGCATTTAAATTCTGGTTTCTGTAAAAATTAATGATTTTCACTGCCTGATTCATATATTAAAAAGTGGGTCTCAGACTGGACAAGAAGCACTGCATTAAATTCCATTGTTCCATGCGGTGTCTTAAAATATGGAAATTTATGTTACCCCAGTATTTTAATTAAGTTTCTGCACTAGCCTGCTGCTCCTGGCGAACCAATCAATTTTACACTTGAACAACTAAATGAATGCTTACGTCTGTTTAACTGATTATAATTTAAATACATCACATCATCAATGCTGTAAAAGGAACCTTATGAAATTTAAAATAGCCACAGTAACCTTTAACCGGAGGTTAATCTGTGACTGAAAAACACTTGCAGACCATGCATTTTTATCTATCTTCATACATTTCCAACAAGTCTCCCTCATTATTCTGTCTTTATTTAGTCTCACCTTGGCAGGTGTTGAATAGGAATCCAGCATGTTCTCCTCTTCCTCCTCTGCTCTGATTCTGCAAGACTCAGTTAAGAAGATCACTTTGAACATTTATGAATAAAAATTAAACAATCATTAATCTTTATGTTGAGCTTTATGAGGATACAGCTCCTGGATGGAGTTGATGTCTCTGGTTTTGTTTATTTGGCTTCCCTTTGAGGTGCTTTTAGGCTTTTTCTTCTTGTTCAGTACCTGTAAGGAGTGCAGAAGCAGTATGCAAATTAGGGCTGCACAATCCTAGAAAAATTTGACATTGCAATATTTTATTTGTCTGTAATGTACATTGCGATACACTGATGCTATACAGTTCCACCAAATGACTAAATAGTTTTTTGGTCACACTATTTTAAGGTTCAATTCTCACTCTTAGCAAACCCTTATGACTTTTGCTTCAATAAACACCTAATTTGCTCCTTATTAATAGTTATTGTGGTTGTTTGTAAGAACTAATAAGAAGCCAATATATCAACAACAAGCATGCTAATAAGCAATTTGTTAATAGTGAGAATTGGTCCCTAAAGTGTTAACAAATGTATTATATCTGTTTGATTGGGATGATTTTAAAAGGGAGTAAATCGCATAAAATGTAGTACACTACAGGCATAGATAAATGCAACAAAGCAAAAAAAGGTGTAATAAACAGTGCAAGCTTTATGGTTTTGTATATGTAAATGTAAAAATAAATTACACCGCAAAGTCAACTCAACATTGCATATCTATGTAATGTGACTGAGGATTCACACATTGCAATATCAATGCTGAAAAGATATACAGGAATACTGTATTGTTTAGCTCTAAAGCAAATGAAGCATAGAAACATTGTGGATCTTATTTTTGGCATCTCAAAGCACTGCAGAATTTCAGTTGGAGTTTTTAATGTCATTTTACTAACTTCTTGTTCAAACTGGTCCAGGTTTTCGAGAGTGAGCGGCAGCTGCTTTCTGGTGGAGCTAAAAGCAAACCACTCGAATACAATTTCTTCACCCGTCA/CCGTTTGTT
- Variant Notes
Effect on DNA/cDNA, transcript, protein (from publications)
- DNA/cDNA Change
- 9 bp inserted / 1746 bp deleted (1)
- Transcript Consequence
- None
- Protein Consequence
- Polypeptide Truncation (1)
- Flanking Sequence
-
AATTAACAGAAAAGCCACAATTATATATTCAGGCACTTTATCCAAAAGCAAAATCTAAGCATTTTTCAAACCTTACATAACAATTCAAGCATTTTCAAGGACCCAGCACCCGTACAAAACCTGTGTTTCTCAGAAATCTTAAAAATGTTTTCTCACCGTCCCGCACGTCCCTCAGTCTCTGAAACATGTATTTGTAGCTGCTGATGAGTGAATTCTCTCCTCCGTCCAGCATCTCCACGCTCACTGCAGTCTGTCCTTTCCCCATCCAGCGCGGACCCTGCACTGCCCCAAATGTGGAAACCACCTCTCCTCTCCCCCCACGCATGCCGTACTTTTGAGAAGGGGTTGCACTACACAAACACATCACCGATCTTTATAATATAGAACAAGTGCATCAAATTCTCTTAAAAGTAAAAATGTCAAATCAGTTTGTTTACCTTGGTGAGAAGCTGGCAGGTGACAGCATTAGACTGGGACTGGCGAGTCGGGCTACACCTCTC
TTAGACTGAGGATGTTCAGGAGTGGTCAGTGCTCGCTTCTGAGAGCCCTGTGTTCATGCAGAAATTAACTCATGTTATTTAACCGATCCAGTTTTTAATATAATGTAAATTACAGTATCGAATAAACAAGTCGGGTTGTATGACAGAAAGAAAGTTTAAAGCCTGATCTCTACACTACTTTCTCAACTTAGATCAACATATAATACGCAGAAAGGCTTTTCATTTTTAATCAGCCAGCTCAAGCGCTTCCGGTGAACTGTCATCCAAATACAAAAATCACTGCATTTAAATTCTGGTTTCTGTAAAAATTAATGATTTTCACTGCCTGATTCATATATTAAAAAGTGGGTCTCAGACTGGACAAGAAGCACTGCATTAAATTCCATTGTTCCATGCGGTGTCTTAAAATATGGAAATTTATGTTACCCCAGTATTTTAATTAAGTTTCTGCACTAGCCTGCTGCTCCTGGCGAACCAATCAATTTTACACTTGAACAACTAAATGAATGCTTACGTCTGTTTAACTGATTATAATTTAAATACATCACATCATCAATGCTGTAAAAGGAACCTTATGAAATTTAAAATAGCCACAGTAACCTTTAACCGGAGGTTAATCTGTGACTGAAAAACACTTGCAGACCATGCATTTTTATCTATCTTCATACATTTCCAACAAGTCTCCCTCATTATTCTGTCTTTATTTAGTCTCACCTTGGCAGGTGTTGAATAGGAATCCAGCATGTTCTCCTCTTCCTCCTCTGCTCTGATTCTGCAAGACTCAGTTAAGAAGATCACTTTGAACATTTATGAATAAAAATTAAACAATCATTAATCTTTATGTTGAGCTTTATGAGGATACAGCTCCTGGATGGAGTTGATGTCTCTGGTTTTGTTTATTTGGCTTCCCTTTGAGGTGCTTTTAGGCTTTTTCTTCTTGTTCAGTACCTGTAAGGAGTGCAGAAGCAGTATGCAAATTAGGGCTGCACAATCCTAGAAAAATTTGACATTGCAATATTTTATTTGTCTGTAATGTACATTGCGATACACTGATGCTATACAGTTCCACCAAATGACTAAATAGTTTTTTGGTCACACTATTTTAAGGTTCAATTCTCACTCTTAGCAAACCCTTATGACTTTTGCTTCAATAAACACCTAATTTGCTCCTTATTAATAGTTATTGTGGTTGTTTGTAAGAACTAATAAGAAGCCAATATATCAACAACAAGCATGCTAATAAGCAATTTGTTAATAGTGAGAATTGGTCCCTAAAGTGTTAACAAATGTATTATATCTGTTTGATTGGGATGATTTTAAAAGGGAGTAAATCGCATAAAATGTAGTACACTACAGGCATAGATAAATGCAACAAAGCAAAAAAAGGTGTAATAAACAGTGCAAGCTTTATGGTTTTGTATATGTAAATGTAAAAATAAATTACACCGCAAAGTCAACTCAACATTGCATATCTATGTAATGTGACTGAGGATTCACACATTGCAATATCAATGCTGAAAAGATATACAGGAATACTGTATTGTTTAGCTCTAAAGCAAATGAAGCATAGAAACATTGTGGATCTTATTTTTGGCATCTCAAAGCACTGCAGAATTTCAGTTGGAGTTTTTAATGTCATTTTACTAACTTCTTGTTCAAACTGGTCCAGGTTTTCGAGAGTGAGCGGCAGCTGCTTTCTGGTGGAGCTAAAAGCAAACCACTCGAATACAATTTCTTCACCCGTCA/CCGTTTGTT GCCTGTGACAAAAACACTGCTCCAACACTACAATAGAAAAAAAAACAAAAGTCATGTGTATTTAATTGAGGTAAAGTTTT ... - Additional Sequence
- None
Fish
| Fish | Genomic Feature Zygosity | Parental Zygosity | Affected Genomic Regions | Phenotype | Gene Expression |
|---|---|---|---|---|---|
| pola2as52/as52 | Homozygous | ♀+/- ♂+/- | |||
| pola2pd311/+; pola2as52/+ | Complex | Fig. 3  from Wang et al., 2019 |
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Supplemental Information
- Genotyping protocol
- None
- Tseng, T.L., Wang, Y.T., Tsao, C.Y., Ke, Y.T., Lee, Y.C., Hsu, H.J., Poss, K.D., Chen, C.H. (2021) The RNA helicase Ddx52 functions as a growth switch in juvenile zebrafish. Development (Cambridge, England). 148(15):
- Wang, Y.T., Tseng, T.L., Kuo, Y.C., Yu, J.K., Su, Y.H., Poss, K.D., Chen, C.H. (2019) Genetic Reprogramming of Positional Memory in a Regenerating Appendage. Current biology : CB. 29(24):4193-4207.e4
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